Первым губернатором Таймыра стал Геннадий Неделин.
Вхождение в рынок стало для округа не только сложным, но и разрушительным. Снижение объёмов государственной социальной помощи северянам, либерализация цен, инфляция, и другие негативные тенденции в экономике страны больнее всего отразились на жизни населения Крайнего Севера. К концу 90-х в округе сложилось отрицательное сальдо миграции. К примеру, в 1999 г. число убывших из региона более чем в 1,7 раза превысило число прибывших.
По всем макроэкономическим показателям округ вплоть до конца девяностых оставался одним из наиболее отсталых в социально-экономическом отношении субъектов РФ. На протяжении ряда лет дефицит окружного бюджета составлял 30%. Регион как-то «выживал», но при этом росла его кредиторская задолженность перед федеральным бюджетом. Однако с учётом производственного потенциала Норильского промышленного района, роль автономного округа в экономике России выглядела совершенно по-другому. С учётом ОАО «Норильская горная компания» доля округа в ВВП России увеличивалась в 35 раз и в промышленной продукции – в 750 раз. Таким образом, налицо был парадокс неурегулированности федеративных отношений: округ не имел каких-либо экономических выгод от использования своих богатейших минерально-сырьевых ресурсов в силу экстерриториальности г. Норильска, находящегося в прямом подчинении Красноярскому краю и перечисляющему значительную часть своих налоговых платежей в краевой бюджет.
С избранием в 2001 г. губернатором Таймыра экс-генерального директора РАО «Норильский никель» Александра Хлопонина социально-экономическая ситуация в округе стала меняться в лучшую сторону. Окружной бюджет 2001 г. уже на 90% был сформирован за счёт отчислений Норильской горной компании. Новый губернатор сразу поставил задачу разработать среднесрочную программу развития округа до 2005 г. Её основные направления были связаны с ростом доходов населения, повышением уровня занятости, обновлением инфраструктуры и развитием посёлков.
Социально-экономические преобразования Хлопонина, который в 2002 г. был избран губернатором Красноярского края, продолжил его преемник на этом посту Олег Бударгин.
С 2002 г. валовой региональный продукт (ВРП) в текущих ценах каждого года приобретает стабильную тенденцию к увеличению и по итогам 2005 года оценивается в 4,1 млрд. рублей. Наблюдается ежегодный рост розничного товарооборота. Окружная власть предпринимает все меры для дальнейшего развития экономики в регионе, увеличения доходной части бюджета и обеспечивает реализацию мероприятий, направленных на эффективное управление государственным имуществом.
С 2000 по 2004 гг. основные параметры окружного бюджета увеличились более чем в четыре раза: доходная часть с 771 млн. рублей выросла до 3 млр. рублей, расходная – с 788 млн. рублей до 3, 5 млр. рублей. Если в начале 2000 г. средний денежный доход работников бюджетной сферы составлял чуть больше 2 000 рублей, то к середине 2003 года он увеличился до 13, 5 тысяч рублей. Это позволило округу войти в десятку северных регионов России с самым высоким уровнем жизни населения.
Немаловажную роль в успешных социально-экономических преобразованиях в округе сыграл законодательный орган власти Таймыра.
Первый созыв депутатов окружной Думы был избран в 1995 г. и состоял из 11 человек. Председателем первой Думы стал Александр Забейворота. Первые окружные законы были направлены на создание законодательной базы самой Думы, формирование избирательной системы органов государственной власти и местного самоуправления, определение бюджетного устройства и бюджетного процесса в округе. Самая кропотливая и объёмная работа шла над проектом Устава округа, окончательная редакция которого была принята 25 марта 1998 года.
Выборы в Думу второго созыва состоялись в конце 1999 года, были избраны 10 депутатов. Председателем Думы второго созыва был избран Виктор Ситнов. Дума второго созыва положила начало развитию региональной законодательной базы в области защиты прав и интересов коренного населения автономного округа. В этой области были приняты законы «Об оленеводстве», «О традиционных видах хозяйствования коренных малочисленных народов ТАО», «О языках коренных малочисленных народов Севера, проживающих в ТАО», «О гарантиях основных прав коренных малочисленных народов ТАО», «О фольклоре коренных малочисленных народов ТАО», «О народных художественных промыслах ТАО».
Дума второго созыва неоднократно использовала своё право законодательной инициативы в Государственной Думе Федерального Собрания по вопросам, связанным с порядком исчисления и увеличения государственных пенсий для северян, оплатой работников бюджетной сферы, соглашениями о разделе продукции, организацией судебной системы в субъекте Российской Федерации и другим. Одним из позитивных примеров реализации этого права окружным парламентом является принятие поправок в федеральный закон об обороте сельхозземель (2002г.), расширяющих круг физических лиц, которым могут предоставляться земельные участки в аренду без проведения торгов. Таким образом, на сегодняшний день лица, относящиеся к коренным малочисленным народам Севера, Сибири и Дальнего Востока, также вправе пользоваться земельными участками в целях защиты исконной среды обитания, традиционных образа жизни, хозяйствования и промыслов малочисленных народов.
Выборы в окружную Думу третьего созыва состоялись 23 января 2005 года и проходили на основе смешанной пропорционально-мажоритарной системы. В этой связи численность законодательного органа округа была увеличена с 11 до 14 человек, 7 из которых избирались по одномандатным избирательным округам и 7 по единому окружному избирательному округу (по партийным спискам). Председателем Думы третьего созыва был избран Сергей Батурин. Одним из первых решений Думы нового созыва стало принятие обращений в адрес губернаторов Красноярского края и Таймыра, а также своих коллег из краевого парламента и Суглана Эвенкии с предложением провести накануне референдума по объединению края и автономных округов заседание Совета законодателей трёх регионов, главным итогом работы которого должно стать подписание Меморандума об основных положениях реализации особого статуса Таймыра и Эвенкии в составе нового субъекта РФ.
В целом за 10-летний период деятельности окружной Думы было принято 505 законов автономного округа.
В числе приоритетных направлений работы региональной власти - забота о коренном населении Таймыра. Для поддержки производства сельскохозяйственной и промысловой продукции в бюджете округа ежегодно предусматриваются ассигнования на выплату субсидий оленеводам, а также ежемесячных фиксированных компенсационных выплат для тундровиков, ведущих кочевой образ жизни.
С целью обмена опытом и совместного решения проблем народов Севера России в 2005 году в г. Дудинке состоялось выездное совместное заседание Координационного Совета Ассоциации коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока РФ и Консультативного Совета по делам коренных малочисленных народов Севера при полномочном представителе Президента Российской Федерации в Сибирском федеральном округе.
Комплекс мер позволил решить острые социальные проблемы, связанные с организацией бесперебойных авиаперевозок на Хатангском и Диксонском направлениях, уменьшением тарифов и увеличением частоты выполнения авиарейсов в поселки.
Для эффективной организации речных грузопассажирских перевозок между населенными пунктами Таймыра были построены универсальные судна "Хансута Яптунэ" и "Таймыр", а также сухогрузная и нефтеналивная баржи.
Установка в поселках округа 14 наземных станций спутниковой связи позволила жителям поселков общаться посредством телефонной связи не только с окружным центром, но и со всеми регионами страны.
Знаковым событием для Таймыра стало открытие в конце 2004 г. нового лечебного корпуса окружной больницы на 150 коек. Общая стоимость проекта составила свыше 200 млн. рублей. Финансирование осуществлялось из окружного бюджета.
С целью привлечения инвестиций на развитие минерально-сырьевой базы Таймыра в июле 2005 г. в г. Дудинке прошло совещание "Современное состояние и развитие минерально-сырьевой базы Таймырского (Долгано-Ненецкого) автономного округа", в котором приняли участие руководитель Федерального агентства по недропользованию Министерства природных ресурсов РФ Ледовских А.А., директор Института геологии нефти и газа СО РАН Конторович А.Э., Генеральный директор ФГУП "Всероссийский научно-исследовательский геологический институт им. А.П. Карпинского" Петров О.В., а также представители профильных институтов и предприятий недропользователей и подрядных организаций, которые проводят геологоразведочные работы на территории Таймыра. В ходе совещания были выбраны четыре приоритетных направления геологоразведочных работ по воспроизводству минерально-сырьевой базы Таймырского (Долгано-Ненецкого) автономного округа до 2010 года.